南京农业大学花卉研究所是一个依托南京农业大学园林植物与观赏园艺学科，专业从事花卉科研、教学、开发与推广工作的综合性研究机构。现有教师15人，其中教授5人，副教授5人，4人入选教育部新世纪优秀人才；1人入选江苏省“333人才工程”第二层次培养对象、2人入选江苏省“333人才工程”第三层次培养对象；1人入选江苏省高校青蓝工程中青年学术带头人、1人入选江苏省高校青蓝工程优秀青年骨干教师；1人入选江苏省“六大”人才高峰计划；2人入选南京农业大学钟山学术新秀。建有中国菊花种质资源保存中心、梅花品种资源圃，总面积200亩，其中智能温室与大棚36000平方米，收集保存各类菊花品种及近缘种属资源3000余份，保存数量居全国首位。

近年来，先后承担国家自然科学基金、国际科学基金、教育部新世纪优秀人才支持计划、国家公益性行业科研专项、863计划、国家科技支撑计划、江苏省创新人才基金等国家及省部级课题100余项。在菊花种质资源收集、保存与新品种选育，红掌、热带兰体细胞胚胎发生与育种及花卉生长发育模拟模型等研究领域有明显特色和优势。培育菊花新品种300余个，申请国家发明专利40余项，菊花新品种保护权34个，16个品种通过江苏省农作物品种审定委员会鉴定，国际登录梅花新品种12个。“菊花种质资源的收集、保存、研究和利用”成果获江苏省科技进步二等奖（2003）；“菊花新品种选育与推广应用”成果获农业部中华农业科技奖二等奖（2007）；“菊花种质创新与新品种选育”成果获教育部科技进步二等奖（2008）；“主要设施花卉品种和技术集成与推广应用”成果获第六届江苏省农业技术推广奖一等奖（2011）；“主要商品盆花新品种选育及产业化关键技术与应用”成果获国家科技进步二等奖（2011，第三完成单位）。主编了《中国菊花》、《观赏园艺学》、《观赏国艺学通论》等一系列全国统编教材或专著，发表研究论文400余篇，其中在BMC Biology、Genome Biology and Evolution、BMC Genomics、BMC Plant Biology、PLoS ONE、Planta、Molecular Breeding等SCI期刊发表研究论文80余篇。研究所注重国际交流与产学研合作，先后与日本、荷兰、美国、丹麦、比利时、韩国等国有关高校与科研单位及国内外数十家企业建立了交流与合作关系。