建院以来，我院获得了30余项省部级以上的奖励，其中“不结球白菜优异种质创新方法及其应用”荣获国家技术发明奖二等奖（2005年），“菊花新品种选育与推广应用”获农业部中华农业科技奖二等奖（2007年），“菊花种质创新与新品种选育”获教育部科技进步二等奖（2008），“梨自花结实性种质创新与应用”荣获国家科技进步奖二等奖（2011年），“温室关键装备及有机基质的开发应用”成果，我院作为第二参加单位获2009年国家科学技术进步奖二等奖；“主要商品盆花新品种选育及产业化关键技术与应用”成果，我院作为第三参加单位获2011年国家科技进步二等奖；“菊花优异基因资源发掘与创新利用”成果获2012年江苏省科学技术奖一等奖；“萝卜种质鉴定评价与优良品种创新利用”获得2011年江苏省科学技术二等奖；“主要设施花卉品种和技术集成与推广应用”成果获2011年江苏省农业技术推广奖一等奖；“梨高光效树形及花果管理技术研发与应用”获得2013年教育部技术发明一等奖。成立了农业部南方蔬菜遗传改良重点开放实验室（2008年）、园艺作物种质创新与利用教育部工程研究中心（2009年）、江苏省果树品种改良与种苗繁育中心（2009年）和江苏省花卉培育工程技术研究中心（2009，共建），建成了国家果梅、杨梅种质资源圃（2011年）。2011年又成立了农业部华东地区园艺作物生物学与种质创制重点实验室，现代园艺学被评为江苏省优势学科。近五年来（2009-2013），科研总经费达1.5亿元。获得国家发明专利96项，育成果、菜、花、茶新品种80个。在农业部国家现代农业产业技术体系中，我院有1位首席科学家，5位岗位科学家。
数据截止2014年9月
